4 ans après les événements de la saison 1, en 2120, le Japon a commencé à exporter le système Sibyl dans le monde entier. L’union d’Asie du Sud Est, expérimente ainsi le système Sibyl dans la ville côtière de Shambala Float alors que le reste du pays s’enfonce dans la guerre civile. L’intrusion de terroristes de l’U.A.S.E au Japon va amener Akane Tsunemori et son équipe à mener leur enquête hors de Tokyo. Retrouveront ils leur ancien collègue devenu paria, Shinya Kôgami ?